Debido al avance de la sequía, la desertificación y el aumento de la temperatura, la exposición a incendios al interior del santuario es un peligro latente, por lo que, es deber de todas y todos sus visitantes cuidar y proteger su habitat.
La basura es otro factor para considerar. Teniendo en cuenta la diversidad de especies animales que habitan el espacio del Santuario, es sumamente relevante disponer de un área libre de contaminación, pues su alteración podrÃa resultar sumamente grave para la vida que habita.
La minerÃa ha sido otra amenaza constante en la zona. Con sus requerimientos de agua en grandes cantidades, la alteración del aire por sus procesos quÃmicos y el aumento de desechos, su actividad extractiva resulta fatal para la sostenibilidad de este espacio de conservación. En una escala menor encontramos alteraciones al espacio causadas por la ganaderÃa no regulada, cuyas cabezas de ganado han alterado los brotes de nuevas especies dificultando la renovación del ecosistema del santuario.
